Fundación de Mineral de Pozos
En 1576, debido a los conflictos entre Chichimecas y españoles se creó una guarnición para proteger la ruta de la plata, nombrando a Pozos como Palmar de Vega.
Don Luis de Velazco (hijo), VIII virrey de España, comisionó en 1590 al misionero de la orden jesuita, Gonzalo de Tapia para que se encargara de negociar la paz entre los nativos y los españoles, nombrando al lugar: San Luis de la Paz, que recuerda y simboliza el pacto.
Los jesuitas le enseñaron a las tribus los procesos europeos para la extracción del mineral, así como sus beneficios; de esta enseñanza aún existen tres hornos que datan de 1595. Para entonces la comunidad cambió su nombre de Palmar de los Pozos por el de San Pedro, en honor al santo que les fue impuesto a los distintos grupos étnicos que fueron atraídos para los trabajos de la minería.
En los primeros años de 1600, el poblado llegó abrir alrededor de 100 minas, cada una con propietarios de diferentes puntos del país e incluso extranjeros.
Posteriormente en 1658, se cambió de nombre a Pozos por la gran cantidad de excavaciones para extraer los metales de oro y plata principalmente, se le agregó el de "Real" para amparar la explotación.
Expulsión de los jesuitas, propicio a la caída de Real de Pozos
En 1767 los jesuitas fueron expulsados por los chichimecas, la producción mermó aunque no en su totalidad. El trabajo en la mina disminuyó, hubo carencia de azogue, hierro y demás elementos indispensables para el laboreo y beneficio, así como el retiro de capitales.
A finales del siglo XIX el pueblo de San Pedro de los Pozos, vivió un momento histórico pues gracias al resurgimiento de la fiebre minera que llegó desde el noroeste del Estado, florecieron nuevamente las actividades de explotación minera, el poblado vuelve a renacer como un potente complejo industrial.
El poblado ya contaba con lugares que ofrecían hospedaje, puestos de comida y un teatro.
El máximo esplendor de Mineral de Pozos se logró durante el gobierno de Don Porfirio Díaz, período durante el cual cambió su nombre a “Ciudad Porfirio Díaz”, en honor al presidente de la República.
A la caída del gobierno porfirista comenzó una segunda caída de la cual ya no se recuperó. La crisis se hizo más aguda en el año de 1926, en parte, por la inestabilidad del movimiento Cristero y por la depresión internacional, que provocó la caída de los precios de los metales y el consecuente retiro de los últimos capitales fuertes.
En la década de los 80´s del siglo XX, el pueblo que fuera abandonado es redescubierto y reconocido por el gobierno federal, en un acto trascendental donde la cuestión se su conservación coincide con las protecciones y nombramientos de Guanajuato, San Miguel de Allende y Dolores Hidalgo, como Zonas de Monumentos.
Durante el Gobierno del Presidente López Portillo, Mineral de Pozos fue declarado Monumento Histórico.
Pueblo Mágico
El 16 de febrero de 2012, Mineral de Pozos se convirtió en el "Pueblo Mágico" No. 49, designación otorgada por la Secretaría de Turismo.
La Secretaria de Turismo, Gloria Guevara Manzo, fue la encargada de entregar al entonces Gobernador del estado de Guanajuato, Juan Manuel Oliva Ramírez, el nombramiento que acreditaba a la comunidad de Mineral de Pozos como Pueblo Mágico.